2009-2018年湖南省甲型H1N1亞型流感病毒監測結果及其全基因組進化分析

黃一偉 張斯鈺 湛志飛 曾舸 黃超洋 胡世雄 李文超 張紅 高立冬

引用本文: 黃一偉, 張斯鈺, 湛志飛, 曾舸, 黃超洋, 胡世雄, 李文超, 張紅, 高立冬. 2009-2018年湖南省甲型H1N1亞型流感病毒監測結果及其全基因組進化分析[J]. 疾病監測. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2019.10.006 shu
Citation:  Yiwei Huang, Siyu Zhang, Zhifei Zhan, Ge Zeng, Chaoyang Huang, Shixiong Hu, Wenchao Li, Hong Zhang and Lidong Gao. Sentinel surveillance and whole genome evolution of influenza A (H1N1) pdm09 in Hunan, 2009–2018[J]. Disease Surveillance. DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2019.10.006 shu

2009-2018年湖南省甲型H1N1亞型流感病毒監測結果及其全基因組進化分析

    作者簡介: 黃一偉,男,湖南省長沙市人,碩士,副主任技師,主要從事病原微生物檢驗工作,Email:[email protected];
    通信作者: 高立冬, [email protected]
  • 基金項目: 湖南省重點研發計劃(No.2017SK2101);湖南省衛生計生委科研計劃課題(No.B20180574)

摘要: 目的分析2009 — 2018年湖南省流感哨點醫院甲型H1N1亞型流感監測結果,對分離病毒全基因組進化情況和分子特征進行分析。方法在全省14個市州的23家哨點醫院開展流感監測工作,每周每家哨點醫院門診采集5 ~ 20份流感樣病例的咽拭子標本進行核酸檢測和/或病毒分離。 對分離的毒株全基因測序,使用BEAST軟件貝葉斯方法構建基因進化樹,序列與疫苗株進行比較。結果2009 — 2018年湖南省流感監測哨點醫院共采集流感樣病例標本190 289份,其中甲型H1N1流感陽性8 014份,陽性率為4.21%。 時間分布共有7個較明顯的流行高峰,峰值以2009年最高。 1 ~ 5歲(占25.13%)和5 ~ 15歲(占32.83%)年齡組所占比重較多,人群男女性別比為1.23∶1。 對分離的60株甲型H1N1亞型流感病毒進行同源性分析,與疫苗株相比全基因組序列的同源性在97.2% ~ 99.9%之間。 貝葉斯基因進化樹呈現階梯狀生長。 推斷最早的公共祖先出現在2 009.177年,平均進化速率為2.695×10?3個替換?位點?1?年?1。 貝葉斯天際線模型分析甲型H1N1流感的種群動態2009 — 2018年間基本維持穩定。 表面蛋白選擇壓力分析dN/dS值為0.201與0.219。 表面蛋白血凝素分子的主要變異位點為L8M、S91R、S160G、S181T、A214T、I312V。 2株病毒神經氨酸酶分子出現H275Y耐藥位點的突變。結論2009 — 2018年湖南省每年甲型H1N1流感陽性率和甲型H1N1流感所占流感比例各不相同,流行高峰出現在冬季,病例以兒童和少年為主,病毒基因持續變異,種群動態穩定。

English

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  • 圖 1  2009-2018 年湖南省甲型H1N1亞流感病例的時間分布

    Figure 1.  Time distribution of influenza A(H1N1)pdm09 cases in Hunan,2009–2018

    圖 2  2009-2018年湖南省甲型H1N1亞型流感病毒基因進化樹

    Figure 2.  Phylogenetic tree of influenza A(H1N1)pdm09 viruses in Hunan,2009–2018

    圖 3  甲型H1N1亞型流感有效種群規模(貝葉斯天際線模型)

    Figure 3.  Relative genetic diversity of influenza A(H1N1)pdm09 virus estimated using Bayesian Skyline Plot

    表 1  2009-2018年湖南省流感哨點監測采集標本數及流感陽性數

    Table 1.  Samples detected and positive samples in influenza sentinel surveillance in Hunan, 2009–2018

    年份標本數(份)陽性數(份)陽性率(%)甲型H1N1陽性
    陽性數(份)陽性率(%)
    2009 15 335 5 56236.273 12120.35
    2010 12 280 1 35511.03 178 1.45
    2011 8 687 676 7.78 297 3.42
    2012 8 465 93111.00 0 0.00
    2013 16 300 1 63810.05 693 4.25
    2014 25 313 2 55010.07 648 2.56
    2015 25 664 1 463 5.70 22 0.09
    2016 27 293 2 87110.521 024 3.75
    2017 25 912 3 45713.34 394 1.52
    2018 25 040 2 270 9.071 637 6.54
    合計190 28922 77311.978 014 4.21
    下載: 導出CSV

    表 2  2009-2018年不同年齡組甲型H1N1亞型流感病例分布情況

    Table 2.  Distribution of influenza A(H1N1)pdm09 cases in different age groups 2009–2018

    年齡組(歲)2009年2010年2011年2012年2013年2014年2015年2016年2017年2018年總計
    0~ 33
    (1.06)
    7
    (3.93)
    12
    (4.04)
    0
    (/)
    46
    (6.64)
    36
    (5.56)
    2
    (9.09)
    58
    (5.66)
    12
    (3.05)
    80
    (4.89)
    286
    (3.57)
    1~ 348
    (11.15)
    36
    (20.22)
    82
    (27.61)
    0
    (/)
    198
    (28.57)
    197
    (30.40)
    6
    (27.27)
    401
    (39.16)
    159
    (40.36)
    587
    (35.86)
    2014
    (25.13)
    5~ 1390
    (44.54)
    27
    (15.17)
    33
    (11.11)
    0
    (/)
    196
    (28.28)
    115
    (17.75)
    11
    (50.00)
    243
    (23.73)
    119
    (30.20)
    497
    (30.36)
    2631
    (32.83)
    15~ 855
    (27.40)
    46
    (25.84)
    59
    (19.87)
    0
    (/)
    72
    (10.39)
    60
    (9.26)
    0
    (0.00)
    66
    (6.45)
    23
    (5.84)
    93
    (5.68)
    1274
    (15.90)
    25~ 260
    (8.33)
    35
    (19.66)
    47
    (15.82)
    0
    (/)
    90
    (12.99)
    84
    (12.96)
    1
    (4.55)
    96
    (9.38)
    24
    (6.09)
    141
    (8.61)
    778
    (9.71)
    35~ 207
    (6.63)
    23
    (12.92)
    56
    (18.86)
    0
    (/)
    71
    (10.25)
    117
    (18.06)
    2
    (9.09)
    123
    (12.01)
    45
    (11.42)
    183
    (11.18)
    827
    (10.32)
    60~9828
    (0.90)
    4
    (2.25)
    8
    (2.69)
    0
    (/)
    20
    (2.89)
    39
    (6.02)
    0
    (0.00)
    37
    (3.61)
    12
    (3.05)
    56
    (3.42)
    204
    (2.55)
    合計3 121
    (100.00)
    178
    (100.00)
    297
    (100.00)
    0
    (/)
    693
    (100.00)
    648
    (100.00)
    22
    (100.00)
    1 024
    (100.00)
    394
    (100.00)
    1 637
    (100.00)
    8 014
    (100.00)
      注:/.無法計算;括號外數據為病例數,括號內數據為構成比(%)
    下載: 導出CSV
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文章相關
  • 通信作者:  高立冬, [email protected]
  • 收稿日期:  2019-06-27
  • 網絡出版日期:  2019-10-12
  • 刊出日期:  2019-10-01
通信作者: 陳斌, [email protected]
  • 1. 

    沈陽化工大學材料科學與工程學院 沈陽 110142

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